Tất cả các game DS đều tương thích với DSi, ngoại trừ những gane yêu cầu khe cắm GBA. Do đó DSi không tương thích ngược với GBA Game Paks hoặc với các phụ kiện yêu cầu khe cắm GBA, chẳng hạn như Nintendo DS Rumble Pak và tay cầm ghi-ta dòng Guitar Hero: On Tour. Thẻ "DSi-enhanced" chứa các tính năng dành riêng cho DSi, nhưng vẫn có thể được sử dụng với các mẫu trước đó; Thẻ trò chơi "dành riêng cho DSi" cũng không được. DSi là thiết bị cầm tay có mã khóa khu vực đầu tiên của Nintendo; ngăn cản việc sử dụng một số phần mềm được phát hành cho khu vực khác. Do sự khác biệt giữa các khu vực trên Internet và phần phụ huynh kiểm soát, phần mềm dành riêng cho DSi bị khóa tùy theo khu vực. Tuy nhiên, phần mềm trên thẻ game sẽ tương thích với các kiểu máy trước đó, duyệt Internet và chia sẻ ảnh sẽ không bị khóa. Homebrew flash cards được thiết kế cho các máy DS trước không tương thích với DSi, nhưng thẻ mới có khả năng chạy phần mềm DS trên nền DSi.

Giống như Wii, DSi có thể kết nối với một cửa hàng trực tuyến. Cửa hàng, được gọi là DSi Shop, cho phép người dùng tải xuống các trò chơi và ứng dụng DSiWare, được thanh toán bằng Nintendo Points Prepaid Card (trước đây được gọi là Wii Points Prepaid Card). Giá ứng dụng tuân theo sơ đồ định giá ba tầng. Dịch vụ này còn có DSi Browser mới, một trình duyệt web miễn phí được phát triển bởi Opera Software và Nintendo. [Trong một chiến dịch quảng cáo dùng thử DSiWare, có ngày hết hạn thay đổi theo khu vực, trước đây đã tặng 1.000 điểm Nintendo miễn phí cho mỗi máy DSi truy cập vào DSi Shop. [Cn 5] Có hơn 500 trò chơi có thể tải xuống, thay đổi theo khu vực. Không thể chuyển DSiWare đã mua trên DSi hoặc DSi XL giữa các máy trừ phi máy đó được sửa chữa hoặc thay thế bởi Nintendo. Hầu hết DSiWare có thể được chuyển sang 3DS, tuy nhiên dữ liệu đã lưu thì không thể. Nintendo Points kết thúc đổi điểm vào ngày 30 tháng 9 năm 2016 và Nintendo DSi Shop đã ngừng hoạt động vào ngày 31 tháng 3 năm 2017